Microk8sでPyMySQLとipython-sqlをインストールしたJupyterLabをデプロイする

Microk8sでPyMySQLとipython-sqlをインストールしたJupyterLabをデプロイするには、以下の手順を実行します。データはlocal永続ボリュームに保存します。

実行手順

1. local永続ボリュームで使用するディレクトリの作成
以下のコマンドでlocal永続ボリュームで使用するディレクトリを作成します。

sudo mkdir -p /var/nb_jovyan
sudo mkdir -p /var/start-notebook.d

sudo chown 1000:100 /var/nb_jovyan

cat << EOF | sudo tee /var/start-notebook.d/install_packages.sh
conda install -c anaconda pymysql -y
conda install -c conda-forge ipython-sql -y
EOF
sudo chmod +x /var/start-notebook.d/install_packages.sh

2. local永続ボリュームの作成
以下のコマンドでlocal永続ボリュームを作成します。
※jovyan用の永続ボリューム

cat << EOF > local-jovyan-pv.yml
apiVersion: v1
kind: PersistentVolume
metadata:
  name: local-jovyan-pv
spec:
  capacity:
    storage: 5Gi
  accessModes:
  - ReadWriteOnce
  storageClassName: local-storage
  local:
    path: /var/nb_jovyan
  nodeAffinity:
    required:
      nodeSelectorTerms:
      - matchExpressions:
        - key: kubernetes.io/hostname
          operator: In
          values:
          - `hostname`
EOF

※`hostname`は今ログオンしているMicrok8sがインストールされているホスト名になります。適宜変更してください。

microk8s kubectl apply -f ./local-jovyan-pv.yml

※スタートアップスクリプト用の永続ボリューム

cat << EOF > local-startnb-pv.yml
apiVersion: v1
kind: PersistentVolume
metadata:
  name: local-startnb-pv
spec:
  capacity:
    storage: 5Gi
  accessModes:
  - ReadWriteOnce
  storageClassName: local-storage
  local:
    path: /var/start-notebook.d
  nodeAffinity:
    required:
      nodeSelectorTerms:
      - matchExpressions:
        - key: kubernetes.io/hostname
          operator: In
          values:
          - `hostname`
EOF

※`hostname`は今ログオンしているMicrok8sがインストールされているホスト名になります。適宜変更してください。

microk8s kubectl apply -f ./local-startnb-pv.yml

3. 永続ボリューム要求の作成
以下のコマンドで永続ボリューム要求を作成します。
※jovyan用の永続ボリューム

cat << EOF > local-jovyan-pvc.yml
apiVersion: v1
kind: PersistentVolumeClaim
metadata:
  name: local-jovyan-pvc
spec:
  accessModes:
    - ReadWriteOnce
  storageClassName: local-storage
  resources:
    requests:
      storage: 5Gi
  volumeName: local-jovyan-pv
EOF

microk8s kubectl apply -f ./local-jovyan-pvc.yml

※スタートアップスクリプト用の永続ボリューム要求

cat << EOF > local-startnb-pvc.yml
apiVersion: v1
kind: PersistentVolumeClaim
metadata:
  name: local-startnb-pvc
spec:
  accessModes:
    - ReadWriteOnce
  storageClassName: local-storage
  resources:
    requests:
      storage: 5Gi
  volumeName: local-startnb-pv
EOF

microk8s kubectl apply -f ./local-startnb-pvc.yml

4. Deploymentの作成
以下のコマンドでjupyterのイメージと作成したlocal永続ボリュームを使用するDeploymentを作成します。

cat << EOF > jupyter-deployment.yml
apiVersion: apps/v1
kind: Deployment
metadata:
  name: jupyter-deployment
  labels:
    app: jupyter
spec:
  replicas: 1
  selector:
    matchLabels:
      app: jupyter
  template:
    metadata:
      labels:
        app: jupyter
    spec:
      containers:
      - name: jupyter
        image: jupyter/scipy-notebook:latest
        ports:
        - containerPort: 8888
        env:
        - name: JUPYTER_TOKEN
          value: "jupyter"
        - name: DOCKER_STACKS_JUPYTER_CMD
          value: "lab"
        volumeMounts:
        - name: nb-jovyan
          mountPath: /home/jovyan/work
        - name: startnb
          mountPath: /usr/local/bin/start-notebook.d
      volumes:
      - name: nb-jovyan
        persistentVolumeClaim:
          claimName: local-jovyan-pvc
      - name: startnb
        persistentVolumeClaim:
          claimName: local-startnb-pvc
EOF

microk8s kubectl apply -f ./jupyter-deployment.yml

5. サービスの作成
以下のコマンドでサービスを作成します。

cat << EOF > jupyter-service.yml
apiVersion: v1
kind: Service
metadata:
  name: jupyter-service
spec:
  selector:
    app: jupyter
  type: LoadBalancer
  externalIPs:
  - xxx.xxx.xxx.xxx # 外部からアクセスできるMicrok8sをインストールしたホストのIPを設定します。
  ports:
  - protocol: TCP
    port: 8080
    targetPort: 8888
EOF

microk8s kubectl apply -f ./jupyter-service.yml

6. 動作確認
ブラウザからhttp://<ホスト名:8080/?token=jupyter にアクセスします。
ipython-sqlをインストールしているのでSQLマジックセルでSQLを実行できるか確認します。
以下のusername, password, dbhost, dbnameを書き換えて、MariaDBデータベースに接続/実行確認します。

%load_ext sql
dsl = 'mysql+pymysql://username:password@dbhost:3306/dbname'
%sql $dsl

%%sql
select version();